南陽市疾病預(yù)防控制中心是全供事業(yè)單位，設(shè)置辦公、人事保衛(wèi)等公共科室4個(gè)，業(yè)務(wù)科室9個(gè)，具體包括：公衛(wèi)監(jiān)測科、傳染病科、寄生蟲病科、免疫規(guī)劃科、性艾防治科、地方病科、職業(yè)病防治科、衛(wèi)生檢測檢驗(yàn)中心和健教與慢性病防治所。單位現(xiàn)有建筑總面積8600平方米，中心現(xiàn)有編制119人，在職人員153人，經(jīng)費(fèi)實(shí)行全額預(yù)算管理。中心在職人員中，專業(yè)技術(shù)人員99人（正高6人，副高18人，中級43人），占職工總數(shù)的67％；碩士11人，本科64人，占職工總數(shù)51％。

南陽市疾控中心肩負(fù)著全市1050多萬人口的疾病預(yù)防控制工作，特別是作為國家“南水北調(diào)”中線工程的水源地，是河南省水質(zhì)監(jiān)測工作的重點(diǎn)地區(qū)。承擔(dān)著國家、省食品污染及有害因素監(jiān)測、食源性疾病監(jiān)測等檢測任務(wù)，是河南省食品安全風(fēng)險(xiǎn)監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。病源實(shí)驗(yàn)室承擔(dān)著全市各種常規(guī)、突發(fā)、新發(fā)傳染病檢測。目前中心實(shí)驗(yàn)室建筑總面積2610平方米，包括理化實(shí)驗(yàn)室870平方米，微生物與流病實(shí)驗(yàn)室1740平方米，占單位建設(shè)總面積30.4％；中心現(xiàn)有萬級潔凈實(shí)驗(yàn)室2個(gè)，共40平方米，二級生物安全實(shí)驗(yàn)室（BSL-2） 5個(gè)，共240平方米，PCR實(shí)驗(yàn)室（4個(gè)分區(qū)）1套共80平方米。