首都兒科研究所是新中國第一家兒科醫(yī)學研究所，前身是中國醫(yī)學科學院兒科研究所，成立于1958年。1983年歸屬北京市衛(wèi)生局，正式更名為首都兒科研究所。1986年首都兒科研究所附屬兒童醫(yī)院正式成立，2025年更名為首都醫(yī)科大學附屬首都兒童醫(yī)學中心。2021年首都兒科研究所通州院區(qū)動工建設，預計2027年投入使用。首都兒科研究所是首都醫(yī)科大學第二兒科醫(yī)學院，是國務院學位辦批準的臨床醫(yī)學一級學科碩士學位授權點，是北京協和醫(yī)學院兒科學博士、碩士學位授權點，是北京大學醫(yī)學部博士、碩士培養(yǎng)點。2014年，首都醫(yī)科大學附屬首都兒童醫(yī)學中心成為第一批國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓基地，現有兒科及兒外科2個專業(yè)基地。2018年，獲得第二批國家試點?？婆嘤柣?，現有新生兒圍產期醫(yī)學及小兒麻醉學?？婆嘤柣亍Ｋ螒c齡兒科醫(yī)學獎評獎辦公室設立在首都兒科研究所，負責宋慶齡兒科醫(yī)學獎的申報評審等工作。
所院現有職工2022人，高級職稱專家328名，擁有研究生導師92名，其中博士研究生導師21名，已培養(yǎng)博士、碩士研究生400余人。2020年獲批博士后科研工作站，2024年首都兒科研究所博士后科研工作站具有獨立招收博士后的資格。
研究所設有13個基礎研究室，以及兒童保健中心、臨床研究中心、兒童健康大數據中心、實驗中心、生物樣本庫，擁有兒童發(fā)育營養(yǎng)組學北京市重點實驗室、兒童病毒病原學北京市重點實驗室2個北京市重點實驗室，是世界衛(wèi)生組織兒童衛(wèi)生合作中心、中國醫(yī)學科學院兒童發(fā)育及疾病研究中心、中國兒童衛(wèi)生保健疾病防治指導中心。在六十余年的發(fā)展中，確立了以“兒童保健研究”“兒科疾病應用基礎研究”“兒科感染性疾病的病原學研究”等重點研究方向，承擔著國家、國際組織和國際間的多邊合作以及科技部、國家衛(wèi)健委、北京市衛(wèi)健委、市科委等一系列關系到兒童保健、兒科常見病和罕見病等重大研究項目，近5年承擔百余項國內指南及行業(yè)標準制定。
首都醫(yī)科大學附屬首都兒童醫(yī)學中心為三級甲等醫(yī)院，編制床位400張，開放床位600張，設有39個臨床科室，7個醫(yī)技科室。2024年門診量275萬余人次，住院病人4.9萬余人次，住院手術量1.3萬余人次。擁有呼吸、重癥醫(yī)學2個國家臨床重點?？啤⑷珖何?chuàng)外科治療中心和疑難危重患兒治療中心，是國家新生兒保健特色?？平ㄔO單位、國家衛(wèi)計委衛(wèi)生行業(yè)專項課題先天重大畸形治療技術科技攻關牽頭單位、中國出生缺陷救助“示范基地”、中國醫(yī)師協會兒科呼吸內鏡醫(yī)師培訓基地、中國兒童糖尿病管理中心、中華醫(yī)學會新生兒學組委員單位等，是北京市級危重新生兒救治中心、北京市/朝陽區(qū)危重新生兒轉會診指定醫(yī)院、兒科學科協同發(fā)展中心（東區(qū)）牽頭單位、呼吸道疾病診斷治療中心、北京市新生兒學組組長單位等，是北京市緊密型兒科醫(yī)聯體、京津冀醫(yī)聯體、北京市朝陽區(qū)兒童醫(yī)聯體等的核心醫(yī)院，是北京市衛(wèi)生健康委員會、北京市殘疾人聯合會確定的0-6歲兒童視力、聽力、肢體殘疾（含腦癱）、智力殘疾和孤獨癥診斷評估機構。
全資子企業(yè)“首兒藥業(yè)（北京）有限公司”是全國首家專業(yè)生產兒童藥品、兒童食品、保健食品、藥食同源食品以及醫(yī)療器械、化妝品、特醫(yī)食品等生產、研發(fā)于一體的企業(yè)，是首都兒科研究所、首都醫(yī)科大學附屬首都兒童醫(yī)學中心的科研成果轉化基地，其藥品成為了首都兒科研究所特色診療服務的重要組成部分。