北京市中醫(yī)藥研究所建于1959年，是全國最早成立的五所中醫(yī)研究所之一。建所以來始終與北京中醫(yī)醫(yī)院的重點(diǎn)學(xué)科緊密結(jié)合，形成了以臨床基礎(chǔ)研究為主的方向，在脾胃病研究、腫瘤研究、針刺麻醉等研究在全國有廣泛的影響。
研究所目前擁有職工36人。其中博士生導(dǎo)師2人，碩士研究生導(dǎo)師4人;博士學(xué)位15人;碩士學(xué)位14人。已經(jīng)培養(yǎng)碩士90人，培養(yǎng)博士10人。自建所以來，獲得全國科學(xué)大會獎1項(xiàng)、北京市科技進(jìn)步一等獎2項(xiàng)、北京市科技進(jìn)步二等獎4項(xiàng)、北京市科技進(jìn)步三等獎28項(xiàng)，其他70項(xiàng)。發(fā)表論文200余篇。6人入選北京市科技新星;1人入選北京市跨世紀(jì)百千萬人才項(xiàng)目。3人入選215人才學(xué)科骨干。
北京市中醫(yī)藥研究所擁有中醫(yī)感染性疾病基礎(chǔ)研究北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、銀屑病中醫(yī)臨床基礎(chǔ)研究北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家中醫(yī)藥管理局“細(xì)胞病理”三級實(shí)驗(yàn)室、腦心同治實(shí)驗(yàn)室、實(shí)驗(yàn)動物室、國家中醫(yī)藥管理局“瘡瘍生肌理論及應(yīng)用”研究室、中藥研究室、臨床流行病學(xué)與循證醫(yī)學(xué)中心、中醫(yī)文化研究室;實(shí)驗(yàn)動物室通過三級認(rèn)證。在中醫(yī)藥研究中形成了臨床、基礎(chǔ)相結(jié)合的研究模式，與臨床重點(diǎn)學(xué)科和?？乒餐献鞒袚?dān)重大課題，解決臨床問題，成為研究所未來發(fā)展的重要方式。