中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥研究所始建于1955年，是我國(guó)成立最早的一所國(guó)家級(jí)研究中藥的專門機(jī)構(gòu)。自1983年起被確認(rèn)為世界衛(wèi)生組織傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)合作中心。我所屠呦呦研究員由于發(fā)現(xiàn)青蒿素，2011年被授予拉斯克臨床醫(yī)學(xué)研究獎(jiǎng)，2015年獲得諾貝爾生理學(xué)或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)和哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院華倫●阿爾波特獎(jiǎng)，2016年獲得國(guó)家最高科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)。2019年，屠呦呦研究員在“建國(guó)七十周年大慶”前夕，因?yàn)闉槿祟惤】岛椭嗅t(yī)藥科技創(chuàng)新做出了重要貢獻(xiàn)而被授予“共和國(guó)勛章”。
中藥研究所經(jīng)過六十六年的科學(xué)研究實(shí)踐，培養(yǎng)造就了一批從事文獻(xiàn)、中藥資源及品種鑒定、化學(xué)、分析、炮制、制劑、藥理、毒理和新藥研發(fā)的科技骨干。全所現(xiàn)有職工500余人，設(shè)有中藥理論與本草文獻(xiàn)研究中心、生藥研究中心、中藥化學(xué)研究中心、分析化學(xué)研究中心、中藥制劑研究中心、中藥炮制研究中心、中藥藥代動(dòng)力學(xué)研究中心、中藥藥理研究中心、生物力藥理學(xué)研究中心、中藥安全評(píng)價(jià)中心（GLP）、中藥注射劑安全性研究中心、中藥新藥研發(fā)中心、中藥生物技術(shù)研究中心、中藥數(shù)據(jù)中心、整合中藥學(xué)研究中心、霧化吸入制劑研究中心和期刊部，以及掛靠管理單位中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中藥資源中心、中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院青蒿素研究中心。全所現(xiàn)有1個(gè)國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室，1個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2個(gè)國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)研究室，5個(gè)國(guó)家中醫(yī)藥管理局三級(jí)中醫(yī)藥實(shí)驗(yàn)室，4個(gè)國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科等。主辦國(guó)家級(jí)學(xué)術(shù)期刊《中國(guó)實(shí)驗(yàn)方劑學(xué)雜志》和《基層中醫(yī)藥》，承辦國(guó)家級(jí)學(xué)術(shù)期刊《中國(guó)中藥雜志》。設(shè)有中藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)碩士研究生、博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)及中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)、中藥學(xué)博士后流動(dòng)站。
中藥研究所構(gòu)建了中藥理論、中藥產(chǎn)業(yè)關(guān)鍵技術(shù)、中藥創(chuàng)新藥物關(guān)鍵技術(shù)等完善的中藥基礎(chǔ)和應(yīng)用基礎(chǔ)研究、中藥新藥研發(fā)的技術(shù)平臺(tái)。中藥理論研究重點(diǎn)進(jìn)行中藥藥性理論、方劑配伍原理、炮制原理等研究。中藥產(chǎn)業(yè)關(guān)鍵技術(shù)研究主要圍繞中藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展中的瓶頸問題，重點(diǎn)進(jìn)行中藥鑒別與質(zhì)量控制、中藥炮制、中藥制藥工程化以及中藥資源的可持續(xù)利用等研究，為中藥產(chǎn)業(yè)現(xiàn)代化提供技術(shù)支撐。中藥創(chuàng)新藥物關(guān)鍵技術(shù)研究主要圍繞中藥新藥創(chuàng)制的核心環(huán)節(jié)，重點(diǎn)進(jìn)行中藥信息與數(shù)據(jù)挖掘、活性篩選與藥效評(píng)價(jià)、化學(xué)提取與分析、中藥制劑、中藥代謝、藥理、毒理及安全性評(píng)價(jià)等共性關(guān)鍵技術(shù)的研究。目前承擔(dān)國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)課題、國(guó)家科技支撐計(jì)劃課題、國(guó)家重大新藥創(chuàng)制專項(xiàng)、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等項(xiàng)目260項(xiàng)。已獲科研成果獎(jiǎng)項(xiàng)354項(xiàng)，其中國(guó)家級(jí)獎(jiǎng)項(xiàng)27項(xiàng)；開發(fā)新藥33個(gè)，出版中醫(yī)藥著作257部，發(fā)表論文5910余篇。
近年來(lái)，中藥研究所在高水平論文發(fā)表、成果獲獎(jiǎng)、項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)、新藥研發(fā)、企業(yè)服務(wù)、人才引進(jìn)、國(guó)際合作、環(huán)境設(shè)備升級(jí)等方面均取得了長(zhǎng)足的發(fā)展。近五年，在國(guó)際知名雜志TheLancet，NatureMedicine，NatureCommunications，AngewandteChemie-InternationalEdition，TheNewEnglandJournalofMedicine，MolecularPlant，TrendsinPharmacologicalSciences，NucleicAcidsRes等發(fā)表SCI論文760余篇。一批高水平科研成果獲獎(jiǎng)，其中包括國(guó)家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)，中國(guó)出版政府獎(jiǎng)，中國(guó)民族醫(yī)藥協(xié)會(huì)科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)特等獎(jiǎng)、一等獎(jiǎng)，中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)，中國(guó)中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)，李時(shí)珍醫(yī)藥創(chuàng)新獎(jiǎng)，高等學(xué)?？茖W(xué)研究?jī)?yōu)秀成果獎(jiǎng)（科學(xué)技術(shù)）科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)等，獲獎(jiǎng)成果水平明顯提升。縱向課題經(jīng)費(fèi)創(chuàng)歷史新高，承擔(dān)國(guó)家各類重大科研項(xiàng)目數(shù)量穩(wěn)步增長(zhǎng)。新藥研發(fā)實(shí)現(xiàn)跨越式突破，金柴抗病毒膠囊、舒咽片、金草提取物、金草片、雙氫青蒿素片、黃連解毒丸、保心顆粒、檵木顆粒等獲得國(guó)家新藥臨床批件。我所全面深度參與抗新冠肺炎中藥新藥--清肺排毒顆粒和化濕敗毒顆粒研制工作。兩個(gè)抗疫新藥均已獲批上市。我所榮獲“全國(guó)科技系統(tǒng)抗擊新冠肺炎疫情先進(jìn)集體”稱號(hào)。近年來(lái)，我所橫向服務(wù)合同額和到位經(jīng)費(fèi)快速增長(zhǎng)，科研轉(zhuǎn)化能力大幅加強(qiáng)。從美國(guó)、英國(guó)、德國(guó)、荷蘭、日本等國(guó)際知名大學(xué)和研究機(jī)構(gòu)引進(jìn)一批具有海外研究背景的優(yōu)秀科技人才，提高了人才隊(duì)伍國(guó)際化水平，優(yōu)化梯隊(duì)結(jié)構(gòu)。
與WHO、美國(guó)、奧地利、挪威等80余個(gè)國(guó)家、地區(qū)和國(guó)際組織進(jìn)行科技項(xiàng)目合作和人才交流。我所作為WHO傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)合作中心與荷蘭萊頓大學(xué)共建“中歐中醫(yī)藥及天然產(chǎn)物研究中心”，與奧地利格拉茲大學(xué)共建“中奧合作研究中心”，與澳門大學(xué)共建“澳門中醫(yī)藥研發(fā)中心”，與英國(guó)利茲大學(xué)共建“生物力藥理學(xué)合作中心”?，F(xiàn)擁有600兆核磁共振等3.8億元科研儀器和設(shè)備。