中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所是國(guó)家級(jí)公益性科研機(jī)構(gòu)，獨(dú)立法人單位，上級(jí)主管部門為中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院，隸屬于國(guó)家中醫(yī)藥管理局，其前身是1955年衛(wèi)生部中醫(yī)研究院成立時(shí)即設(shè)置的醫(yī)史研究室和編審室。1971年，醫(yī)史研究室和編審室合并為中醫(yī)研究院醫(yī)史文獻(xiàn)研究室。1980年3月19日，衛(wèi)生部正式批復(fù)“建立中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所”。1982年5月28日，中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所正式成立。
中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所的主要職責(zé)是研究醫(yī)學(xué)歷史、中醫(yī)文獻(xiàn)（包括存世、亡佚、出土醫(yī)藥文獻(xiàn)）、中醫(yī)古籍?dāng)?shù)字化、民族醫(yī)學(xué)、中醫(yī)術(shù)語(yǔ)、醫(yī)藥文物、民間傳統(tǒng)醫(yī)藥、中醫(yī)藥文化、中醫(yī)藥傳統(tǒng)知識(shí)保護(hù)、傳統(tǒng)醫(yī)藥非物質(zhì)文化遺產(chǎn)等，基本形成了“一史三文”（一史，主要指中國(guó)醫(yī)學(xué)史；三文，重點(diǎn)涉及中醫(yī)文獻(xiàn)、文物與文化）的研究格局。
目前，中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所下設(shè)黨政辦公室、科研教育辦公室、醫(yī)學(xué)史研究室、中醫(yī)文獻(xiàn)研究室、中醫(yī)古籍?dāng)?shù)字化研究室、民族醫(yī)學(xué)研究室、術(shù)語(yǔ)與工具書研究室、醫(yī)藥文物研究室、民間傳統(tǒng)醫(yī)藥研究室、中醫(yī)藥文化研究室、中國(guó)醫(yī)史博物館、中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院院史陳列館和《中華醫(yī)史雜志》編輯部。此外，國(guó)家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥傳統(tǒng)知識(shí)保護(hù)研究中心、全國(guó)中醫(yī)藥學(xué)名詞審定委員會(huì)秘書處、中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)藥文化研究中心、中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)古籍?dāng)?shù)字化研究中心、中國(guó)中醫(yī)藥信息研究會(huì)葛洪研究分會(huì)、世界中醫(yī)藥學(xué)會(huì)聯(lián)合會(huì)儒醫(yī)研究委員會(huì)、世界中醫(yī)藥學(xué)會(huì)聯(lián)合會(huì)中醫(yī)特色診療研究專業(yè)委員會(huì)及中國(guó)老年保健醫(yī)學(xué)研究會(huì)中醫(yī)養(yǎng)生保健分會(huì)掛靠中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所。
自建所以來(lái)，中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所在馬繼興、李經(jīng)緯、蔡景峰、余瀛鰲等老一輩中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)專家的帶領(lǐng)下，經(jīng)過(guò)四十余年的不懈開(kāi)拓，逐步建成了一支高水平的老、中、青研究團(tuán)隊(duì)，形成了以醫(yī)史文獻(xiàn)研究為基礎(chǔ)，以中醫(yī)古籍?dāng)?shù)字化、中醫(yī)名詞術(shù)語(yǔ)規(guī)范化、中醫(yī)藥傳統(tǒng)知識(shí)保護(hù)和傳統(tǒng)醫(yī)藥非物質(zhì)文化遺產(chǎn)研究引領(lǐng)前沿的局面。
中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所先后出版學(xué)術(shù)著作700余部，發(fā)表論文2800余篇，獲得各級(jí)獎(jiǎng)勵(lì)90余項(xiàng)。其中，《中醫(yī)大辭典》《神農(nóng)本草經(jīng)輯注》獲國(guó)家科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)；《針灸學(xué)通史》《百年中醫(yī)傳承錄》獲中國(guó)出版政府獎(jiǎng)；《中國(guó)醫(yī)學(xué)通史》獲中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)；《海外回歸中醫(yī)善本古籍叢書》《百年中醫(yī)史》《中醫(yī)名詞考證與規(guī)范》獲中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)著作一等獎(jiǎng)；“中醫(yī)藥名詞術(shù)語(yǔ)規(guī)范研制與推廣的管理”獲中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)政策研究獎(jiǎng)；《馬王堆古醫(yī)書考釋》《海外回歸中醫(yī)善本古籍叢書》等獲全國(guó)古籍整理優(yōu)秀圖書二等獎(jiǎng)；《天回醫(yī)簡(jiǎn)（上下）》獲全國(guó)古籍出版社百佳圖書一等獎(jiǎng)。
中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所先后承擔(dān)并完成國(guó)家級(jí)、省部級(jí)課題100余項(xiàng)，現(xiàn)有各級(jí)各類在研課題184項(xiàng)，其中省部級(jí)及以上課題37項(xiàng)。目前，在研國(guó)家社會(huì)科學(xué)基金項(xiàng)目11項(xiàng)，國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目2項(xiàng)。2020年，“中國(guó)傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)疫情防控史料搜集、整理與研究”獲得國(guó)家社科基金重大項(xiàng)目立項(xiàng)。2021年，中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院?jiǎn)?dòng)科技創(chuàng)新工程，中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所牽頭組織實(shí)施其中中醫(yī)史學(xué)、中醫(yī)文獻(xiàn)學(xué)、中醫(yī)文化學(xué)三個(gè)學(xué)科的重大攻關(guān)項(xiàng)目課題。2022年，“絲綢之路外來(lái)眼科知識(shí)與技術(shù)的文化交融史研究”“阿育吠陀醫(yī)典梵藏對(duì)勘、漢譯與研究”兩項(xiàng)獲國(guó)家社科基金冷門絕學(xué)專項(xiàng)立項(xiàng)。2023年，“‘人書一體’模式下的中醫(yī)傳承知識(shí)圖譜構(gòu)建研究”“基于深度學(xué)習(xí)的不寐組方用藥規(guī)律研究”獲得國(guó)家自然科學(xué)基金立項(xiàng)?！暗澜提t(yī)學(xué)經(jīng)典的整理與研究”中標(biāo)國(guó)家社科基金重大項(xiàng)目。啟動(dòng)中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程創(chuàng)新能力提升專項(xiàng)“中醫(yī)藥探源溯流研究”。2024年，“面向中國(guó)自主知識(shí)體系構(gòu)建的中醫(yī)學(xué)史研究”中標(biāo)國(guó)家社科基金中國(guó)歷史研究院重大歷史問(wèn)題研究專項(xiàng)2024年度重大招標(biāo)項(xiàng)目?！耙浴睹}經(jīng)》成書與《脈訣》傳播為中心的中醫(yī)脈學(xué)經(jīng)典化研究”中標(biāo)國(guó)家社科基金重點(diǎn)項(xiàng)目?！俺鐾翝h代醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)形制的研究”“歐洲藏《本草綱目》版本及譯介類著作的整理研究”獲得國(guó)家社科基金冷門絕學(xué)研究專項(xiàng)立項(xiàng)。
中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所是國(guó)家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)醫(yī)史文獻(xiàn)學(xué)高水平重點(diǎn)學(xué)科建設(shè)單位，也是國(guó)家文物局中醫(yī)藥文物研究重點(diǎn)科研基地和國(guó)家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥國(guó)際合作基地。自1978年起開(kāi)展研究生教育，是全國(guó)第一批博士、碩士授權(quán)點(diǎn)。2002年開(kāi)始接受博士后進(jìn)站工作。現(xiàn)有博士研究生導(dǎo)師13名，碩士研究生導(dǎo)師28名，先后培養(yǎng)博士研究生114名、碩士研究生192名，學(xué)位論文獲獎(jiǎng)19項(xiàng)。
中國(guó)醫(yī)史文獻(xiàn)研究所將聚焦本領(lǐng)域國(guó)際、國(guó)內(nèi)重大學(xué)術(shù)前沿問(wèn)題，瞄準(zhǔn)高水準(zhǔn)研究目標(biāo)，努力推出一批具有重要影響力的研究成果，建設(shè)一批權(quán)威、完善的基礎(chǔ)支撐平臺(tái)，培養(yǎng)一批高素質(zhì)專業(yè)人才，為中醫(yī)藥科研、臨床、教育和廣大民眾提供中醫(yī)藥知識(shí)服務(wù)，為弘揚(yáng)中華傳統(tǒng)文化、維護(hù)國(guó)家文化安全、堅(jiān)定民族文化自信、增強(qiáng)國(guó)家軟實(shí)力的國(guó)家戰(zhàn)略提供學(xué)術(shù)支撐。